colabfold


Life

虽然早开源了,但是一开始让我去跑我是拒绝的,

一是官方手册软件系统部署洋洋洒洒几万字

二是硬件还要求GPU,CPU混合架构

还有高达3TB的数据

PC是肯定跑不起来,

但一看才发现早有人弄了个Jupyter的pipline

(更巧的是上个寒假就收藏了,但是懒癌发作一直拖到现在)

好在前几天Google的工作平台也用了,

索性直接上colabfold v1.5.2,标称说是using MMseqs2,为了技术的大众化应该砍了不少难度

但是跑起来这个b平台还是有诸多资源限制,

昨天跑6VXX接连跑崩了几个(但一想免费版本来就苦逼穷人的DL学习平台,乐)

换了简单点的,然而还是没挑好,两个pdb都有重复单元,但pymol比对上去局部还能看,RMSD误差也能接受,

技术大众化才能让每一个人都能进行蛋白质折叠&预测,不然就是工业暴力堆叠出来的又一个无用垄断罢了